连云港边防检查站采用思迈奥SMA-8000A安检门加强安全管理。连云港边防检查站的前身是山东边防保卫局连云分局，组建于1951年5月1日，1952年7月正式改编为连云港边防检查站。

建站以来，先后进行了多次体制调整和改编，现归建中国人民武装警察部队序列，隶属于江苏公安边防总队，为一类站。连云港边检站所在口岸类型为水港（海港），种类为一类口岸，所辖水域面积29.7平方公里，现有各类码头泊位35个，其中万吨级以上泊位30个；与160多个国家和地区的港口建立通航关系，辟有至欧洲、美洲、中东、东北亚、东南亚等集装箱和货运班轮航线40多条，并开通了至韩国仁川、平泽两条大型客箱班轮航线，是全省唯一既有船检业务又有旅检业务的海港边检站。

2011年，共检查出入境（港）船舶7055艘次、旅客138593人次，员工116170人次，办理各类证件51332份，同比分别增加1.61%、2.71%、3.08%，监护船舶2856艘，出动警力52360人次，办理船员换班10163人次，检查登轮人员124万多人次，办理行政案件5起，协助海事部门开展海上救助5次，获赠锦旗14面、表扬信9封，午夜通关23次。